广东省农业环境综合治理重点实验室于2000年12月由广东省科技厅批准建立，2003年建成并通过一期验收， 2007年通过二期验收，2011、2014年分别在全省重点实验室考核评估中获得“优秀”。
根据我国红壤区与广东省实施“土十条”、“水十条”的需求，国际土壤学与环境科学前沿的发展趋势，以及土壤环保产业技术需求与发展趋势，结合实验室长期以来形成的学科积累与区位优势，按照前瞻性、先进性、应用性的原则，广东省农业环境综合治理重点实验室的研究方向凝练为：“红壤退化与资源可持续利用、红壤养分循环及其生态效应、红壤特征物质循环与污染控制”。将为解决红壤区和广东省农业环境所面临的土壤资源和生态环境等重大科技问题提供知识基础与技术支撑。

广东省环境保护土壤重金属污染治理重点实验室于2015年8月由广东省环保厅批准，入选第一批广东省环境保护重点实验室。重点实验室立足于广东省土壤污染修复市场需求，建立土壤污染修复科技创新体系，搭建技术转化平台，与国内外相关企业、政府、科研院所以及其他创新单元建立广泛的科技创新联盟，通过技术成果的孵化与转化，生产满足社会和市场需求的产品。为解决我国土壤污染问题，提高土壤污染修复技术与装备水平，保护生态安全和经济可持续发展提供技术支撑。